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爱游戏体育app:FPGA大显身手基因组测序时间从30小时缩短到26分钟

来源:爱游戏体育app   发布时间:2022-12-05 22:35nbsp;  点击量:

本文摘要:目前,FPGA在动态基因组测序计算出来大显身手,把测序时间从30小时延长到26分钟,之后基因组测序计算出来时间将不会延长到10分钟,预计一个仅有序列基因编译器可以在相似动态的时间内已完成。基因组测序是一种新型基因检测技术,它可以从血液或者唾液中分析测量基因仅有序列,用来预测疾病,个人的不道德特征等等。构建这一项技术必须海量的计算出来反对,经常必须等候一段时间才可以取得检测结果。

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目前,FPGA在动态基因组测序计算出来大显身手,把测序时间从30小时延长到26分钟,之后基因组测序计算出来时间将不会延长到10分钟,预计一个仅有序列基因编译器可以在相似动态的时间内已完成。基因组测序是一种新型基因检测技术,它可以从血液或者唾液中分析测量基因仅有序列,用来预测疾病,个人的不道德特征等等。构建这一项技术必须海量的计算出来反对,经常必须等候一段时间才可以取得检测结果。

然而,EdicoGenome发售的“龙”硬件加速卡将测序计算出来时间由30小时延长到26分钟,迅速就有可能优化构建动态计算出来的目标。IBMPowerSystems最近公开发表了为题“Powerfulcomputingcrunchesgenomicdataatwarpspeed”的文章,文章叙述了EdicoGenome用于硬件加速器来加快基因研究的海量计算出来。EdicoGenome董事长兼任CEOPietervanRooyen和他的团队在南非展开血液分析的工作,主要面向两种疾病:艾滋病(HIV)和肺结核(tuberculosis)。同时他们也研发了一款自定义的硬件加速卡来加快计算出来,这款加速卡就是“龙”卡,卡上构建了基于IBMPower8处理器的S822LC高性能计算出来服务器和Xilinx28nmFPGA。

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加速卡计算出来的效果如何呢?“之前一个基因组测序必须约30小时”vanRooyen说道,“我们早已把计算出来时间降至26分钟,迅速,我们就不会更进一步优化到10分钟”。他预计一个仅有序列基因编译器可以在相似动态的时间内已完成。Stone在视频中说明说道,FPGA加速卡将处置时间缩减到6分钟左右,而显软件处置大约必须6小时,FPGA硬件加速获取了大约50X~60X的加快性能。

目前EdicoGenome“龙”卡上用的是Xilinx28nm器件,公司早已考虑到在他们下一代的板子上用于XilinxUltraScale器件,在现有基础上再行取得5X的加快性能提高。


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